Pour les applications pharmaceutiques et vétérinaires, le Datamatrix ECC200 doit être encodé selon le système GS1 avec des identifiants de données (AI). Ce système se caractérise par:

• un format standard pour la codification et la symbolisation
• une architecture de symbole qui permet d'organiser différentes données (identification d'un article, date de péremption, numéro de lot, quantités, etc) à l'intérieur d'un symbole unique.

Cette combinaison permet la compatibilité des systèmes d'information entre des partenaires qui auraient fait des choix techniques différents. Chaque donnée traduite dans un symbole Datamatrix est introduite par un identifiant (AI) qui définit la nature et la structure de la donnée. Pour des raisons de lisibilité, l'AI est inscrit entre parenthèses dans la traduction en clair sous le symbole. Les parenthèses elles-mêmes ne doivent jamais être encodées dans le Datamatrix. Voici ci-dessous quelques identifiants de données propres au système GS1:

• GTIN de l'article: 01
• Date maximun de validité (AAMMJJ): 17
• Numéro de lot de fabrication : 10
• Numéro de série (sérialisation) : 21

Le système GS1 se caractérise aussi par l'utilisation en première position de la chaine de caractères alphanumériques d'un caractère spécial, également appelé FNC1. Il sert de balise au lecteur pour traiter l'information lors du décodage du symbole.